中国兵力部署：国民政府机构庞杂，为适应抗战形势，决定改组军委会，将原先六部改为四部，即军令、军政、军训和政治部。蒋介石为陆、海、空三军最高统帅，何应钦为参谋总长，白崇禧为副参谋总长，陈诚为政治部主任，徐永昌为军令部部长。
蒋介石任命陈诚为武汉卫戍总司令、第九战区司令长官兼湖北省主席。以长江为界，江北属第五战区，江南属第九战区，决心保卫大武汉。改组机构的同时，调整了部队战斗序列，这是关系武汉保卫战胜败的大事。
1938年6月6日，蒋介石任命陈诚为第九战区司令长官。又由陈诚保荐：罗卓英任武汉卫戍区司令，郭忏任武汉警备区司令，薛岳为江北兵团指挥官，张发奎为江南兵团指挥官，迅速形成控制各作战部队的系统。
6月14日，蒋介石又任命陈诚为湖北省主席，实行了军政一体化。
7月9日，成立三民主义青年团，蒋介石自兼团长，任命陈诚兼书记长，负实际责任。在武汉会战关键时刻，陈诚身兼数要职，证明蒋介石在军国大事上“非陈诚莫属”。蒋介石在给阎锡山信中曾说；“中正不可一日无辞修”。
最高统帅部将作战部队进行了调整：
第五战区司令长官李宗仁（因病由白崇禧代理），副长官李品仙。江防总司令刘兴、副总司令曾以鼎。下辖：第2集团军孙连仲部，第5集团军于学忠部，第11集团军李品仙部，第21集团军廖磊部，第24集团军顾祝同部，第26集团军徐源泉部，第27集团军杨森部，第29集团军许绍宗部，第17军团胡宗南部，第27军团张自忠部，第19军团冯治安部，第28军团刘汝明部。另有第45军、第71军以及马当、湖口、九江、田家镇等守备部队。
第九战区司令长官陈诚。江北兵团总指挥薛岳，江南兵团总指挥张发奎，武汉卫戍区司令罗卓英，武汉警备区司令郭忏。下辖：第3集团军孙桐萱部，第9集团军吴奇伟部，第20集团军商震部，第31集团军汤恩伯部，第11军团李延年部，第29军团王缵绪部，第30军团卢汉部，第32军团关麟征部，第37军团王敬久部。另有第74军、29军、54军、9军、16军、75军、94军、37军，以及湖北省防空部队，江西省保安部队。
最高统帅部决定作战方针：以一部守备华南沿海及华东、华北现阵地，并积极开展游击战，牵制消耗敌人。另以有力一部支援马当、湖口要塞，迫敌于鄱阳湖以东展开，阻敌溯江向九江集中。中队主力集中武汉外围，利用鄱阳湖、大别山地障，及长江两岸丘陵、湖沼，施行持久战，特别注意保持重点于外翼，争取灵活机动。预期在武汉外围与敌主力作战